第１章『始動』
大宇宙。
この大宇宙には様々な星があり、そこでは様々な生命が暮らしていた。
それぞれの生命は自らの文明を発展させ、宇宙にも手を伸ばしていく。
何回か宇宙の危機といえるべき戦いは起こったが、それをも乗り越えていく。
そのため今となっては宇宙全体は平和であった。
だが。
新たな脅威が迫りつつあることをまだ誰も知らなかった。
それも全宇宙を脅かす最悪の脅威だということを・・・。
地球より遥かに遠くに存在する超巨大惑星グラン。
そこに住むマリオはある日一通の手紙をもらう。
差出人不明のその手紙はマリオに住む国の首都ビッグシティに来てくれという内容でそれに従いビッグシティに着く。
しかしそこで待っていたのは何者がか送り込んだ怪獣アンギラスだった。
大きさが違いすぎる敵にマリオは苦戦するが、その場に一人のロボットが現れアンギラスを倒す。
そのロボットから手紙の差出人がサイバトロンであることを知り名前を聞き出す。そのロボットはこう答える。
トランスフォーマー「俺の名はビッグコンボイ。サイバトロンの傭兵だ」
この出会いが全ての始まりであった。この大いなる戦いの・・・。そして、今、史上最大の戦いが始まる。
サイバトロンがマリオを呼んだ理由・・・それはある作戦のためのスカウトだった。
地球圏から遠く離れた惑星、地球。
その星は１００年前の西暦1954年に現れたゴジラ出現を皮切りに次々と異常事態が発生。
1999年の邪大戦のあとはワームホールの発生による異世界ファ・ディールとの交流や新大陸の隆起、宇宙への植民開始など発展していったがその後も怪獣やネガティブシンジケードの出現、様々な侵略者の襲来などの脅威に晒され、これらから地球を護るために地球防衛軍が結成。
そしてつい最近ではグランショッカー、ＥＴＦ、バルマリィ帝国との銀河系全土に渡る戦いが起こるという波乱万丈な惑星。その惑星で宇宙でも珍しいエネルギー体が落下。
ミレニアムエレメントと呼ばれたそれは銀河連邦で調査する予定だったが突如行方不明になった。
グランにある物質で構成されたそれの探索をサイバトロンはグラン出身のマリオをスカウトしたのだ。
ちなみにマリオが選ばれたのはもう一つ理由がありミレニアムエレメントの捜索を手助けしてくれる組織はある敵と戦っておりその手助けのために強い援軍を欲していた。
マリオはそれを快諾。
そして次の日オヤ・マー博士から新アイテムポンプを貰ったマリオはビッグコンボイの宇宙船に向かう途中、謎の敵の手先であるクリキングに襲われるが何とか撃退。
ビッグコンボイと共に地球に向かう。
マリオ達が拠点とする場所が存在する町、あけぼの町。
そこは魔物軍団ジャマンガに狙われておりそこの警察署に赴任する予定の新米刑事鳴神剣二はいきなりその戦いに巻き込まれる。
しかしＳＨＯＴの魔弾銃士である魔弾銃士リュウガンオーによりジャマンガは撃破される。
ジャマンガはその後新たに鉄蟲魔獣レプトリリックスを投入。
再び巻き込まれた剣二はレプトリリックスに果敢に挑む。
その時彼の目の前にＳＨＯＴに保管されていた謎の剣である魔弾龍、撃龍剣が現れる。
それの力により魔弾剣士リュウケンドーに変身！その力でレプトリリックスを撃破するのであった。
あけぼの町にやってきたマリオ達。
ＳＨＯＴのメンバーと会う予定のビッグコンボイと別れたマリオだが、今度は植物魔獣ギガフラワーがあけぼの町に出現。
さらにマリオの前に刺客魔獣フェンリルが出現。フェンリルに苦戦するマリオだが不動銑四朗という男が助けに来る。
彼は魔弾龍、剛龍銃によって魔弾銃士リュウガンオーに変身。
マリオとのコンビでフェンリルを撃破する。
一方ギガフラワーもリュウケンドーにより倒すことに成功する。
そしてマリオは不動と一緒にＳＨＯＴ本部に向かい、不動に案内されあけぼの署の地下に連れられ、そこで合流したビッグコンボイと共にＳＨＯＴの概要を聞くマリオ。
そしてこの日からマリオとビッグコンボイはミレニアムエレメントの捜索と魔弾戦士と共にジャマンガの撃退の任務に就き地球で戦うことになった。
魔弾戦士達と共にあけぼの町を守るためにジャマンガと戦うビッグコンボイ達。
ある時、魔的装甲車ビッグジャマンカーとジャマンガの最高幹部であるジャークムーンの同時侵攻が行われたがオプティマスコンボイ（パワーマスターコンボイ）率いるサイバトロンの助けによりこれを撃退。
しかしそんな中、地球を狙う新たな敵勢力が出現していた。
ワームホールから宇宙戦闘獣コッヴが出現。それは粒子コンピュータークリシスが予測していた謎の存在根源破滅将来体が送り込んだ尖兵でありこれに呼応するかのように新たなウルトラマン、ウルトラマンガイアが登場し、それを撃退。
そして地球防衛軍と国連が極秘に設立した地球防衛連合Ｇ．Ｕ．Ａ．Ｒ．Ｄとその精鋭部隊ＸＩＧを発表する。
そしてアルケミースターズの一員としてウルトラマンガイアに変身する力を得た高山我夢はＸＩＧに志願。
マグマ怪地底獣 ギールとの戦いを経て正式にＸＩＧの一員として選ばれるのだった。
コンボイの旧友である天才科学者兜十蔵博士が謎の怪物であるキュレックスワームに襲撃され命を落とすと同時にＤｒヘル率いる機械獣ダブラスＭ２とガラダＫ７が出現。
しかし十蔵博士が孫である甲児に託したスーパーロボットマジンガーＺによって撃退に成功。甲児は光子力研究所に所属することになった。
地球には電脳生命体デジタルモンスターが現れ、対デジモン用の組織であるＤＡＴＳが日々デジモンと戦っていた。
そんな中ＤＡＴＳが捕獲していたデジモンであるアグモンが逃亡。
ＤＡＴＳが追うが、アグモンは喧嘩番長と呼ばれる少年大門大と意気投合。
その後新たに現れたティラノモンとの交戦で謎の老人から託されたデジヴァイスを使いアグモンをジオグレイモンに進化。
見事ティラノモンを撃破した大とアグモンをＤＡＴＳはスカウトする。
これらの事件が起こる中ビッグコンボイは上層部から新たなメンバーをスカウトしにギアナ高地にゲートがある異世界ファ・ディールへと向かう。
ファ・ディール側のゲートのある町では巨大モンスターロッティングビーストが現れその町に旅行しに来ていたルーネスとアルクゥという少年を襲撃したが黒い鎧を纏った青年に気絶させられる。
その青年こそ新たなメンバーであるアランであり彼はビッグコンボイと共にあけぼの町に向かった。
一方その様子を謎の影が見ておりエインシャント卿にことの報告するためにその場を去って行った・・・。
ジャマンガを撃退するがなかなかミレニアムエレメントの捜索は進まなかった。
そんな時デストロンがミレニアムエレメントに関する証拠を握っているという情報が入りビッグコンボイ達はデストロンが潜む大桶谷に向かう。
そしてそこでデストロンと交戦状態に入る。・・・しかしその時焼津港から１００ｍクラスの巨大怪獣が出現。それは100年前に倒されたはずの大怪獣ゴジラだった！
ゴジラは上陸し大桶谷に直行。そしてビッグコンボイ達の前に現れるとミレニアムエレメントと関係するゆがみ発生装置を放射火炎で破壊。
マリオ達もその威力で壊滅状態にし一人無事だったビッグコンボイも無視し、その場を去って行った。
せっかく見つけた手がかりを破壊されてしまうがそれでもジャマンガ撃退とミレニアムエレメント捜索を続けるビッグコンボイ達。
一方地球圏ではさらに新たな敵勢力が現れ続ける。
ガイシテス太陽系第5惑星Ｅを追放され侵略のために地球に来た天才科学者ゴリ一味、ミュータントで構成され帝王バンバ率いる新人類帝国、表向きは最先端科学技術の開発を行う研究団体を装い宇宙生物ファラーを使って世界征服を目論むクラウン、そして特定の人間だけを不可能犯罪で殺害する謎だらけの超越生命体アンノウン。
これらに巨悪に対し対抗するスーパーヒーローも登場。渡五郎はキャプテンサラー率いる少年同盟に力を覚醒し、自由の戦士イナズマンとなり、銀河連邦の一員である遊星ネビュラからのエージェントスペクトルマンが地球に赴任、そして兄を追っている途中でクラウンにガイボーグとミューティアンの複合体に改造されたものの王気七星波を駆使し彼らと戦うことを決意した風間剛などがそうであった。
ある時ゴビ砂漠に金属生命体アパテーが襲来。
ウルトラマンガイアはあわや追いつめられるもそこに謎の青いウルトラマンに助けられる。
同じころニューヨークでペトレスク神父が変身していた巨大蝙蝠と戦った仮面ライダー1号こと本郷猛はペトレスクが今際に話した「この世界は神が支配する邪悪な世界と化す」という言葉に気になり、最近現れたアンノウンを調べていた。
その最中、ギルスに変身する能力を得た青年葦原涼と接触。
ギルスの力が原因で知り合いに拒絶され孤独な涼を自分のパートナーとする本郷。
後に彼らはガイファードとその仲間達と出会い、クラウンと共に戦うことになった。
地球防衛軍内にある組織である森羅。
森羅はナイツの能力を持った異能者日下兵真をスカウト。すでに2人のナイツをスカウトしている森羅に対して兵真は最初は拒絶するも自分が異能の力を持っている以上、様々なネガティブシンジケードに狙われるのは必至と知り、ナイツの能力を覚醒。
森羅の一員として戦うことを決意する。
この時すでにスカウトされた2人のナイツは自分の幼馴染である無堂院疾風丸と珠樹雫であることを兵真はまだ知らなかった・・・。
これらの戦いが激化するなかゴジラが大戸島で目撃される。
その後大阪に向かっていると知った地球防衛軍は大阪でゴジラ撃滅作戦を決行。
その作戦にビッグコンボイとマリオ、リュウケンドー達も参加。
ゴジラ出現に警戒する・・・が大阪に現れたのはゴジラと共に目撃された暴竜アンギラスだった。
防御力とスピードの高いアンギラスに大苦戦する地球防衛軍。
そこにゴジラまで出現。ゴジラは地球防衛軍に目をくれずアンギラスと戦う。
そしてすさまじい激戦の末アンギラスを倒したゴジラはその場を去る。
この戦いの最中、ビッグコンボイは地球人に似つかない服装をした青年を目撃する。
その青年は数日後にあけぼの町に現れる。ビッグコンボイが聞くと彼はデュゼという名前以外を覚えてない記憶喪失の身でそれを不憫に思ったあけぼの町の人間に慰められていた。
その後あけぼの署で保護されるがひょんなことでリュウケンドーに変身するのが剣二であることを知ってしまう。
機密扱いの魔弾戦士の正体を知ってしまったデュゼを天地司令官はＳＨＯＴの一員と任命することで納める。
デュゼは見習いオペレーターとしてＳＨＯＴ基地に赴任するが、アンノウンを天使と呼んだり、少年同盟がイナズマンに贈ったメカであるライジンオーに怯えたりするなどの不思議な行動もとっていた・・・。
ジャマンガの現在の指揮官神帝ラオス。
彼の直属の部下である四将軍の一人百獣将軍ビストがジャマンガ城に現れる。
彼はジャークムーンの細胞と強力な魔弾キーであるサンダーキーを使ってエレムーンを作成。
出撃したエレムーンを倒すも疲弊したＳＨＯＴを襲撃。
自らの奥義であるディメションワーパーでビッグコンボイをどこかへ消し、リュウケンドーにサンダーキーを使わせることにより撃龍剣をショートさせ戦闘不能にする。
ＳＨＯＴの戦力を減らすことに成功したビストは大量の部下と魔城を使いあけぼの町に侵攻。
あけぼの町は最大の危機を迎えるが彼らの援軍として森羅、ＤＡＴＳ、スーパーロボットフォース（ＳＲＦ）、さらにアンノウンと戦う謎の存在アギトが来てくれる。
彼の助けで魔城に突入したマリオとアランだがビストのパワーに苦戦してしまう。
しかしリュウガンオー達を戦う姿を見て新たに決意する剣二の心に撃龍剣が復活。再びリュウケンドーに変身し、ビストに挑む。
そしてサンダーキーを取りだし使いこなせまいと嘲笑するビストに対しリュウケンドーは語る。
リュウケンドー「話が長けえぞ魔物野郎！！俺は自分のためだけに戦うのはやめたんだ！リュウガンオーやマリオ、アランに森羅とＤＡＴＳ、ＳＲＦ、マジンガーＺ、アギト、そしてあけぼの町の皆の努力を無駄にしないために！俺は戦う！雷、電、武装！！」
今度はサンダーキーを使いこなしサンダーリュウケンドーに雷電武装。
その力でビストを魔城もろども倒すことに成功。
その後サイバトロンの調査によりビッグコンボイがオーストラリアで発見されこの件は一件落着する。