第３章『流転』
地球防衛軍本部での激戦から1か月。ミレニアムエレメントの手がかりは今だ見つからなかったがジャマンガとの戦いは続いていた。
しかしこの1か月で状況は大きく変化。クラウンは新たにメタルナイト率いるメタルファードを使い体勢を立て直し、新人類帝国の残党を取り込んだデスパー軍団が猛威を振るう。
さらに戦闘獣を戦力とするミケーネ帝国が出現し、強大な勢力を率いるギシン星間帝国も本格的に地球侵略を開始した。
また宇宙でも地球のコロニー対策に不満を持つネオジオンが不穏な動きを見せ、デモンズやデモニアック、ロストグラウンドの悪魔も活発化。
さらにエヴォリアンとの戦いではアバレキラーという第3勢力が出現し、ジャマンガも四将軍の一人である武人、機甲将軍メカニを戦線に送り込み、強大なネガティブシンジケードであるジャリュウ一族、ダークシャドウ、そしてΣ団が動き出していた。
これらに対し地球防衛軍はＤＡＳＨを結成。Σ団と戦う「秘密刑事」と呼ばれる警視庁所属の特命捜査官である大門豊や森羅、ＤＡＴＳと共に防衛に参加する。
そんな中ＳＨＯＴはある日地球防衛軍からある任務を言い渡される。
それは活動が激化している存在ワームの調査だった。
ワームと戦っている組織であるＺＥＣＴと共にその調査を行うが、このワーム、人間の姿形をコピーできるのだが、やっかいなことに記憶までコピーできるのだ。
しかも戦闘員であるサナギ体は孵化するとクロックアップが可能な完全体へと変貌。
今現在これに太刀打ちできる同じく高速移動を得意とするリュウジンオーのみだった。
さらに調査の途中ワームと出くわしそれとの戦闘の中ラゴラスとグランゴンまで出現。
大ピンチを迎える中その場に「天の道を行き総てを司る男」と自称する謎の男、天道総司が現れ、彼は仮面ライダーカブトに変身。ワームを圧倒しリュウケンドー達を助け出した。
さらに光の星からのウルトラ戦士、ウルトラマンマックスも登場。彼の活躍でラゴラスとグランゴンの撃破に成功するのだった。
ジャマンガが現れ続けるあけぼの町。
そんな中まだ高校生くらいの少年と少女がこの町に来たが、一瞬彼らを見たデュゼは自分に似た雰囲気を感じる。
そしてジャマンガが現れ戦うリュウケンドーを見て彼が剣二であることを知っている2人。
ＳＨＯＴ基地でそのことを聞いてみると『松田光太』と『平川未来』という名前で、自分達は2012年の地球から来たというのだ。
しかし邪大戦が起こってないなどこの地球と喰い違う面が非常に多く、しかもウルトラマンや仮面ライダー、ガンダムなどがテレビ番組と放映されているのを聞いてビッグコンボイは彼らが平行世界の地球から来たのではないのかと推測を立てる。
とりあえずこのまま放っていくわけにはいかないのでＳＨＯＴに保護することになり2人はこの町で暮らし始める。
ただこの2人、彼らが地球に来たときには持っていないはずの特殊な力（敵の動きを遅らしたりする時を操る能力やテレパシー能力など）を持っておりそれでビッグコンボイ達のサポートを進んで行っていた。
デュゼは自分と似た雰囲気を持つ2人に親しくなり、彼らの兄貴分的存在になるが、記憶のない彼は自分も2人と同じ別世界の存在じゃないのか？と思うようになっていた。
次々と子供たちが行方不明になる事件が発生。
それはレディゴールド配下の魔獣バチャルの仕業であった。
その力でネットを介して次々と異界へ送り込むバチャル。
ひょんなことで自分達も異界に入ったマリオとリュウケンドーは子供たちを助けるためバチャルと戦うが異界の中ではパワーアップするバチャルに苦戦を強いられる。
しかしそこに不動が参上。
修理が終わりさらに大幅にパワーアップした剛龍銃を携えて不動はリュウガンオーの強化バージョンである魔弾銃士マグナリュウガンオーに剛龍変身。
そのパワーを圧倒的でバチャルの分身や遣い魔を一蹴し、さらに怪獣並みのでかさを誇るバチャル本体をもマグナドラゴンキャノンで撃破。
異界は崩壊するも子供たちは全員救出に成功し見事マグナリュウガンオーは初陣を飾った。
ギシン星間帝国との攻防も続いておりＳＨＯＴの様な小規模な組織は蚊帳の外であるものの彼らが送り込んだ侵略者に対しゴッドマーズやダルタニアスなどのスーパーロボットやテッカマンブレードを新たな戦力にし地球防衛軍は幹部の神隼人の指揮の元、奮戦を続けていた。
Ｄｒヘルとの最終決戦で戦闘不能になったマジンガーＺと仲間の勧めで国連に留学することになった甲児に代わって、科学研究所要塞に所属するグレートマジンガーのパイロットの剣鉄也もミケーネ帝国と戦いつつギシン星間帝国軍と戦っていた。
そんな時、彼はギシン星間帝国軍と戦う謎のＵＦＯロボを目撃。
このロボットの名はグレンダイザーでギシン星間帝国に故郷を滅ぼされたフリード星の王子であるデュークフリードがパイロットを務めていた。
彼は宇宙科学研究所に所属していたが他の人間にほとんど素性を明かすことはなくそのため当初は不信感を抱いていた鉄也だが、交流を重ねることに戦友として認識することになっていった。
一方デジモンの出現数も多くなり、ＤＡＴＳはついにデジタルワールドに調査に向かうことになった。
そしてこの時長官は大にあることを打ち明ける。
実は魔の10日間事件の直後、人間が行方不明になる事件が多発しそれが起因となりデジタルワールドの存在が発覚。
調査隊が派遣されることになったのだがその調査隊の隊長が大の父親である大門英であったのだ。英は他の調査隊が撤退した後もデジタルワールドの調査を続けており、今となっては行方不明だがこの調査で何か手がかりをつかめる可能性もあり大は進んで調査に向かうことになった。
デジタルワールドで彼らを待ち構えていたのは人間を憎むデジモン達、そして自らをデジモンと名乗る少年イクトだった。
ＸＩＧは新たに結成されていたＤＡＳＨと共にウルフガス、ディーンツ、ゲシェンク、カンデア、パズズなどの怪獣軍団と戦っていた。
そんな中我夢は地帝大怪獣ミズノエリュウとの戦いで今まで地球に現れた怪獣の中にそれまでの怪獣とは違う存在がいることに気付き始める。
またウルトラマンアグルこと藤宮との関係は思わしくなく反物質怪獣アンチマターによる地球消滅の危機で共闘することもあったが超巨大天体生物
ディグローブとの戦いにおいて地球を護るためには多数の犠牲を厭わない考えを持つ藤宮はエリアルベースをも破壊しようとし、ついに我夢と交戦。
ガイアとアグルとの熾烈な戦いが始まり、結果的に痛み分けに終わるがウルトラマン同士が戦うことになった事実に我夢はただ叫ぶしかなかった・・・・。
ここ数か月で大きく動き出した数々のネガティブシンジケード。
最近古代から復活を果たしたゴードム文明を始めとする多くのネガティブシンジケードと戦っている組織があった。
その組織の名はサージェス財団。ＤＡＳＨやＤＡＴＳ、森羅と違い防衛軍直轄の組織ではなく主にプレシャスと呼ばれる貴重な宝を集めるのが本来の任務だが、その仕事柄プレシャスを狙う組織と交戦することが多く、その戦いではサージェス財団の精鋭部隊である轟轟戦隊ボウケンジャーが活躍していた。
ダイボウケンなど強力な戦力を保有するサージェス財団は地球防衛軍やＳＨＯＴと共に協力関係になっており彼らもミレニアムエレメント捜索に協力していた。
そのサージェス財団がミレニアムエレメントと思われるエネルギー反応をキャッチ。
それはロストグラウンドからだった。地球有数の危険地帯であるロストグラウンドに行くことになるため万全を期してそこに向かうビッグコンボイ達。
だがミレニアムエレメントのエネルギー反応があった場所は最近巨大なバラのようなグレートモンスターが現れ、しかもその後デストロンによって占領され、調査に向かったＭＡＲＳの戦士であるハッターが拉致されていたのだ。
すでに現場には森羅とボウケンジャー、サイバトロン、そしてＭＡＲＳから来たチーフとともに現場に到着したビッグコンボイ達はミレニアムエレメント捜索及びハッター救出作戦に出る。
だが彼らを4人の少年少女が追っていたのをまだ誰も知らなかった。
多数の悪魔やならず者だけではなく、ディメションハザードによって異界の怪物やメカが多数跋扈するこのロストグラウンドは予想以上に困難であり、思うように進まなかった。
その後武者修行のためダイノアースから地球に来た武者紅零斗丸との出会いもあり、彼を仲間に入れついに目的のミレニアムエレメントのエネルギー反応がある湖に到着するマリオ達。
そこではデストロンが基地を作っており何らかの目的（後にエインシャント卿からの依頼と判明）で多数の人間が捕まっていた。
デストロンからここを開放しようとするビッグコンボイ達。
だがデストロンに聞いても彼らはミレニアムエレメントのことは知らないらしい。
そして十字架に捕えられたハッターを見つけ出し救出しようとするがその前にジグラッドが出現。
しかも敵はジグラッドだけではなかった。その場にデストロンが雇った傭兵であり彼らの指示でビッグコンボイ達を追跡していた4人の少年少女・・・・ハヤト、ナツミ、トウヤ、アヤが現れる。
ファ・ディールではあまり見られない召喚術を使う4人と強力な火力を誇るジグラッドに苦戦する一同。
その間少年であるハヤト達と戦うのに躊躇するコンボイに自分と同じものを感じるチーフ。
しかしなんとか勝利しハッターを救出する一同。
だがその直後湖からあのバラのような姿から進化した植物のようなグレートモンスター・・・ビオランテが出現する。
しかも奴からミレニアムエレメントの反応があった！
ジグラットとハヤト達との戦いで疲弊したマリオ達に容赦なく襲い掛かるビオランテだがその場にゴジラまで現れる。
ゴジラとビオランテの戦いは当初はゴジラが有利だったが突如ビオランテが暴走するかのごとく暴れまくる。
しかしそれでも戦いはゴジラの勝利に終わる。
黄金の霧となって消滅するビオランテから一つの宝石が落ちてくる。
それはミレニアムエレメントの欠片だった！
欠片とはいえミレニアムエレメントの一部を手に入れることに成功したビッグコンボイ達。
チーフ達とはここで別れることになったマリオ達だが紅零斗丸だけは本人の意思によりミレニアムエレメント捜索部隊に入ることになった。
一方デジタルワールドに調査に向かったＤＡＴＳはメルクリモンと対面。
どうやらデジモンが人間界に現出したのは彼のせいではないらしいが、その一方で彼は人間を深く憎んでいることが判明。
今から５年前、突如としてデジタルワールドに人間の軍団が侵攻。
彼らは謎の異形の生物を使役しデジモンを次々と虐殺。
なんとか撃退したものの人間を憎むデジモンは非常に多い。
またイクトの正体は赤子の時にデジタルワールドから迷い込んだ人間、パートナーのファルコモンと共にユキダルモンに育てられていたが、そのユキダルモンが人間に殺され彼もまた人間を憎んでいた。
メルクリモンの力でイクトと共に人間界に帰還した大達ＤＡＴＳはデジタルワールドを襲撃した謎の軍団の調査を行うことになった。
強力な手がかりである欠片を得てミレニアムエレメント捜索に大きく動き出すビッグコンボイ達はあけぼの町に帰還。
だがそんな時ジャマンガが大規模な作戦を実行に移した。メカニ主導で作られた巨大魔導衛星グレンスターが宇宙に向かって打ち上げられてそこからの攻撃であけぼの町を恐怖のどん底にしようとしていたのだ。
グレンスターはあけぼの町の真下以外が強力なバリアに包まれており、真下にあるあけぼの町から直接飛んで撃破する以外に攻略する方法はなかった。
サイバトロンなど、ビスト襲来同様数々の仲間が援護に来てくれたが、状況はなかなか好転せずあけぼの町に神帝ラオスの影が現れ、降伏以外の道はないとあけぼの町に宣言するがそのラオスの声にコンボイは聞き覚えを感じた。
そしてＳＨＯＴはロケットの推進システムのように途中までリュウケンドーがサポートしリュウジンオーを宇宙へと送り出しグレンスターを撃破する作戦を考案。
これは白波が宇宙は一度行ったら帰ってこれなくなる可能性があるため、だからいなくなっても悲しむ人のいない自分が適任だと考案したものだった。そして始まる作戦。あけぼの町にジャークムーン、ロッククリムゾン、そしてメカニが多数の部下を引き連れ現れ作戦を阻止しようとするがマグナリュウガンオー達がそれを阻止する。
そしてリュウケンドー達が飛び成功する！と思われたがグレンスターの攻撃がリュウジンオーに直撃。
大ダメージを負ったリュウジンオーはそれでも宇宙に行こうとするがリュウケンドーはリュウジンオーに白波にもいなくなったら悲しむ人がいると説得。
そして彼の代りにリュウケンドーが宇宙に行くことになった。
阻止しようとするメカニの前にカブトが立ちはだかり一騎打ちを挑むことになった。
そしてリュウケンドーはリュウジンオーの力とあけぼの町の皆の応援により宇宙に到着することに成功。
そして三位一体雷電斬りでグレンスターを撃破！一方メカニもカブトの一瞬の隙をついた攻撃に敗れ満足そうに散って行った。
リュウケンドーは無事地球に戻り変身を解いた白波とガッシリと握手をするのだった。